MLLT1 і MLLT3 спрямовують фермент AID до певних ділянок геному
Nature описав роль білків MLLT1 і MLLT3 у спрямуванні ферменту AID до визначених ділянок геному.
Дослідження, опубліковане в Nature, описує роль білків-зчитувачів гістонів MLLT1 і MLLT3 у концентрації ферменту AID у визначених геномних локусах. Робота присвячена механізмам, що забезпечують специфічність дії AID — активаційно-індукованої цитидиндеамінази.
Аналіз охопив дані ChIP-seq і TT-seq, а також секвенування ампліконів на платформі Nanopore та протеомні дані BioID. Первинні й оброблені результати ChIP-seq і TT-seq автори розмістили в репозиторії NCBI Gene Expression Omnibus під номером GSE336466. Дані Nanopore amplicon-seq збережені в Sequence Read Archive у межах BioProject PRJNA1481264, а дані BioID — у репозиторії MASSIVE під номером MSV000099228.
Аналіз клітинних моделей
У роботі використовували та повторно аналізували набори даних для клітин CH12F3, активованих B-клітин, клітинних ліній Ramos і SUDHL5, а також дані AID ChIP та AID CUT&RUN. Для секвенувальних аналізів застосовували референсні геноми миші GRCm38/mm10 і людини GRCh37/hg19. Для нормалізації зі spike-in використовували також геноми дріжджів S. cerevisiae та плодової мушки D. melanogaster.
Дані CH12F3 вирівнювали не лише до стандартного геному миші, а й до спеціально модифікованого геному цієї клітинної лінії, який враховує рекомбінований локус Igh VDJ. Для клітин Ramos дослідники також застосували спеціальний геном із реорганізованою послідовністю IGH.
Зв’язок із мутаціями B-клітин
Автори залучили каталог ділянок, уражених аномальною соматичною гіпермутацією в лімфомі B-клітин людини. У списку використаних джерел згадано роботи про роль AID у диверсифікації антитіл, соматичній гіпермутації, перемиканні класів імуноглобулінів, а також про геномну нестабільність та хромосомні транслокації у зрілих B-клітинних лімфомах.
Структурні дані для YEATS-доменів MLLT1 і MLLT3 автори отримували з Protein Data Bank. Власні робочі процеси та код для аналізу мутацій ампліконів, параметрів транскрипційної кінетики, ChIP-seq, TT-seq і складання спеціального геному Ramos дослідники зробили доступними через GitHub.
