Науковці дослідили клональну архітектуру переднього мозку новонароджених мишей
Науковці дослідили клональну архітектуру переднього мозку новонароджених мишей за допомогою STICR, одноклітинного секвенування та MERFISH.
Дослідники з Університету Каліфорнії в Сан-Франциско та Інституту Аллена представили роботу про просторово-часову клональну архітектуру переднього мозку новонароджених мишей. У дослідженні аналізували споріднені групи клітин і їхній розподіл у мозку, що розвивається.
Про роботу повідомляє Nature. Серед авторів — Guohua Yuan, Michael Kunst, Marilyn R. Steyert, Arturo Alvarez-Buylla, Hongkui Zeng і Tomasz J. Nowakowski.
Методи дослідження
Команда застосувала метод STICR із вірусним маркуванням клітин та баркодами ліній. Для аналізу також використали одноклітинне секвенування РНК і просторові дані MERFISH. У додаткових матеріалах наведено приклад: інʼєкцію для маркування виконали на 11-й день ембріонального розвитку, а тканину зібрали на четвертий день після народження. Клітини з GFP-маркером відсортували методом FACS для подальшого одноклітинного аналізу.
Відкриті набори даних
Автори оприлюднили транскриптомні дані одноклітинного секвенування та баркоди STICR у базі Gene Expression Omnibus під номером GSE341480. Також для роботи доступний інтерактивний браузер одноклітинних і MERFISH-даних Каліфорнійського університету в Санта-Крусі. Окремий набір даних MERFISH розміщено в Brain Image Library.
У додаткових аналізах науковці порівнювали частку ідентичних клонів між незалежними зразками мозку, а також оцінювали середній розмір клонів залежно від дня інʼєкції та типу клітин.
