У нейтрофілах пацієнтів із вовчаком виявили нові неоантигени

У нейтрофілах людей із системним червоним вовчаком дослідники виявили аномальні варіанти зрощування РНК, які утворюють нові білкові послідовності та можуть розпізнаватися Т- і В-клітинами. За даними Nature, частину таких неоантигенів дослідники підтвердили безпосередньо серед пептидів, пов’язаних із молекулами HLA на нейтрофілах.

Системний червоний вовчак є автоімунним захворюванням, за якого організм виробляє антитіла проти ядерних білків, білків, пов’язаних із нуклеїновими кислотами, та дволанцюгової ДНК. Автори роботи зосередилися на нейтрофілах, які розглядають як одне з потенційних джерел аутоантигенів.

Аномальне зрощування РНК

Науковці проаналізували РНК нейтрофілів 34 пацієнтів із системним червоним вовчаком, а для порівняння залучили 20 здорових донорів і 15 людей із ревматоїдним артритом. Вони застосували розроблений для дослідження алгоритм RiboSplitter, що дає змогу передбачати білкові продукти варіантів зрощування РНК.

У нейтрофілах пацієнтів із вовчаком команда виявила 271 аномальну подію зрощування у 130 генах. Ці події не виявили в нейтрофілах здорових донорів та пацієнтів із ревматоїдним артритом. Аномальні варіанти були у 33 із 34 учасників із вовчаком, але їхня кількість та набір уражених генів істотно відрізнялися між пацієнтами.

Найчастіше зміни стосувалися генів, індукованих інтерфероном I типу, зокрема IFI44L, MX1, OAS1, RSAD2, XAF1, IFI27 та IFIT1. Водночас аномальне зрощування зафіксували і в генах, які не вважають інтерферон-індукованими, серед них ABCG1, PSMF1 та OGG1.

Пептиди на молекулах HLA

Дослідники перетворили виявлені варіанти РНК на можливі пептидні послідовності та оцінили, чи здатні вони зв’язуватися з індивідуальними молекулами головного комплексу гістосумісності I і II класів. Вони відібрали пептиди, яких немає серед відомих людських білкових послідовностей. Для пацієнтів передбачили 86 потенційних неоантигенних пептидів із 46 генів, що потрапили до 2% найвищої прогнозованої спорідненості зв’язування; 65 із них — до 0,5%.

Щоб перевірити, чи утворюються ці пептиди в клітинах і чи презентуються імунній системі, автори виділили молекули HLA I класу з нейтрофілів і дослідили пов’язані з ними пептиди методом рідинної хроматографії та тандемної мас-спектрометрії. Аналіз виявив 21 передбачений новий пептид. Серед генів, для яких такі пептиди були виявлені, — USP18, MYO15B, PHF11, OAS1, FCGRT і MX1.

Відмінність від інших клітин

Порівняння з даними моноцитів при вовчаку, нейтрофілів людей із хворобою Шегрена, нейтрофілів здорових донорів після обробки інтерфероном та двох наборів даних мононуклеарних клітин периферичної крові показало, що описані аномальні події переважно характерні саме для нейтрофілів при системному червоному вовчаку. Автори також підтвердили низку варіантів зрощування за допомогою ПЛР зі зворотною транскрипцією та секвенування за Сенгером.