Вчені створили скринінг пар генів для посилення протипухлинної дії CAR-T
У Nature описали CRISPR-скринінг подвійного вимкнення генів у CAR-T-клітинах для пошуку синергічних протипухлинних пар генів.
Науковці описали скринінг подвійного вимкнення генів у CAR-T-клітинах безпосередньо в живому організмі, який дав змогу скласти карту пар генів із синергічною протипухлинною дією. Дослідження присвячене пошуку генетичних комбінацій, здатних поліпшити функції модифікованих Т-клітин у протипухлинній імунотерапії.
Комбінований генетичний пошук
CAR-T-терапія використовує Т-клітини з химерним антигенним рецептором. У роботі застосували підхід подвійного нокауту — цільового вимкнення двох генів одночасно — та CRISPR-скринінг. Такий формат дає можливість оцінювати не лише роль окремих генів, а й взаємодію між ними у контексті протипухлинної активності CAR-T-клітин.
Дані та відтворюваність
За даними Nature, усі згенеровані або проаналізовані дані включено до статті, додаткових матеріалів, файлів вихідних даних і наборів даних. Сирі та оброблені дані високопродуктивного секвенування, зокрема результати CRISPR-скринінгу, таргетного ампліконного секвенування, bulk RNA-seq, одноклітинного RNA-seq, CUT&RUN і повногеномного секвенування, розміщено в репозиторіях Gene Expression Omnibus під номерами GSE272887 і GSE335215 та Sequence Read Archive під номером PRJNA1477126.
Автори також оприлюднили спеціальний код для аналізу даних і створення ілюстрацій через GitHub. Дані проточної цитометрії, аналізу білків, візуалізації та інших молекулярних і клітинних тестів доступні у файлах вихідних даних до публікації.
