Вчені визначили структуру комплексу нітрогенази метаногенів із білком PII

Дослідники визначили за допомогою кріоелектронної мікроскопії структуру надкомплексу нітрогенази метаногенів із сигнальним білком PII. Робота описує кілька структурних станів комплексу, зокрема надкомплекс із трьох повторюваних модулів PII–DKKD–PII.

Будова білкового комплексу

У структурі надкомплексу науковці розглянули три гетеротетрамери NifDK — компонента нітрогенази. Додаткові дані показують відмінності в площі поверхні, що контактує між NifI2 у комплексі NifI та NifDK у трьох модулях надкомплексу. Автори також порівняли комплекси NifI між собою, зокрема їхні T-петлі, а також ділянки зв’язування лігандів із білком GlnK.

Дані кріоелектронної мікроскопії

Як повідомляє Nature, для дослідження отримали карти та моделі кількох станів: DKKD, DKK, комплексу PII–DKKD і надкомплексу. Окремо оприлюднено структуру надкомплексу, підготовленого на суворо анаеробних сітках, що важливо для роботи з чутливими до кисню білками нітрогенази.

Карти однокомпонентної кріоелектронної мікроскопії та моделі внесли до Protein Data Bank і Electron Microscopy Data Bank. У додаткових матеріалах наведено будову металевих кластерів NifDK — M-кластера та P-кластера — і результати ідентифікації кофактора гомоцитрату. Авторами дослідження стали Раджнандані Каш’яп, Томас М. Дір, Ахмед Дхамад, Мелісса Чандербан, Моніка Токміна-Лукашевська, Браян Ботнер, Деніел Дж. Лесснер та Едвін Ентоні.