База AlphaFold додала понад 8 тисяч білкових комплексів вірусів
База AlphaFold поповнилася понад 8 тисячами прогнозованих структур білкових комплексів вірусів із 23 родин.
До бази даних AlphaFold Protein Structure Database 24 вересня додали понад 8 тисяч прогнозованих структур білкових димерів вірусів — пар молекул, що взаємодіють між собою. Нові дані охоплюють 23 родини вірусів, серед яких є збудники mpox, кору та гепатиту B, повідомляє Nature.
Портал для підготовки до пандемій
Доповнення стало частиною запуску вільно доступного порталу з підготовки до пандемій у базі AlphaFold. Ресурс містить передбачення тривимірної структури білків, згенеровані інструментом штучного інтелекту AlphaFold2. Базу підтримує Європейська лабораторія молекулярної біології — Європейський інститут біоінформатики у Гінкстоні, Велика Британія.
Раніше до бази вже додали прогнозовані структури 1,7 млн пар білків 20 добре досліджених організмів, зокрема людини, мишей і бактерій, що спричиняють туберкульоз. Це був перший випадок, коли база включила білкові комплекси, зокрема ферменти з двох однакових білкових ланцюгів.
Як відбирали вірусні структури
Дослідники проаналізували послідовності 41 774 білків приблизно 2 800 вірусів. Фахівці Швейцарського інституту біоінформатики в Женеві визначили точні послідовності тисяч вірусних білків, що утворюються після розщеплення поліпротеїнів. Такий етап важливий, оскільки для деяких вірусів за генетичною послідовністю складно встановити початок і кінець окремого білка, через що прогнози структури можуть бути неповними.
За допомогою AlphaFold2 команда спрогнозувала структури 40 746 гомодимерів — пар однакових білків — і майже 1,7 млн гетеродимерів, утворених різними молекулами. До бази включили 2 749 гомодимерів і 5 279 гетеродимерів, які визнали достатньо точними. Водночас усі зроблені прогнози оприлюднили.
Обмеження прогнозів
Передбачення не враховують молекул цукру, які вкривають чимало вірусних білків і допомагають їм уникати імунного розпізнавання. Крім того, багато білків функціонують у комплексах, більших за димери. Наприклад, білок шипа SARS-CoV-2 та інших коронавірусів складається з трьох однакових білків; так само влаштований білок оболонки ВІЛ, що забезпечує проникнення в клітини. Для таких комплексів димерні прогнози в багатьох випадках не додали до бази через недостатню точність.
