Дослідники описали клональну організацію переднього мозку новонароджених мишей
Науковці дослідили просторово-часову клональну організацію переднього мозку новонароджених мишей за допомогою баркодів і одноклітинного аналізу.
Науковці представили дослідження просторово-часової клональної організації переднього мозку новонароджених мишей. Робота присвячена тому, як клітини зі спільним походженням розподіляються в різних ділянках мозку на ранньому етапі розвитку.
Аналіз клітинних ліній
Автори застосували підхід STICR із вірусними баркодами для відстеження клітинних ліній, а також одноклітинне секвенування РНК. У додаткових матеріалах наведено приклад маркування клітин ін’єкцією на ембріональному етапі E11 із забором тканин на четвертий день після народження. Для аналізу одноклітинного секвенування дослідники сортували GFP-позитивні клітини методом флуоресцентного сортування клітин.
Дані також містять оцінювання розміру клонів залежно від дня ін’єкції та типу клітин. Окремо автори провели моделювання, щоб оцінити вплив втрати клітин на різних етапах експерименту, частоти захоплення клітин і кількості відновлених багатоклітинних клонів.
Відкриті набори даних
Як повідомляє Nature, дані одноклітинного транскриптомного секвенування та баркодів STICR оприлюднені в базі Gene Expression Omnibus під номером GSE341480. Для роботи також підготовлено інтерактивний переглядач одноклітинних даних і даних MERFISH у браузері клітин Університету Каліфорнії в Санта-Крузі. Набір даних MERFISH доступний через Brain Image Library.
Серед авторів дослідження — науковці Каліфорнійського університету в Сан-Франциско та Allen Institute for Brain Science в Сіетлі. Кореспондентом роботи зазначено Томаша Я. Новаковського з Каліфорнійського університету в Сан-Франциско.
