MLLT1 і MLLT3 визначають локальну дію ферменту AID
Дослідження описало роль MLLT1 і MLLT3 у концентрації ферменту AID у визначених ділянках геному.
Дослідження, опубліковане в Nature, описує роль білків MLLT1 і MLLT3 у концентрації активаційно-індукованої цитидиндезамінази AID у певних ділянках геному. Автори пов’язують ці гістоночитачі з наданням AID локусної специфічності.
Роль гістоночитачів
MLLT1 і MLLT3 належать до білків, що розпізнають модифікації гістонів. У роботі вивчали, як їхня взаємодія з хроматином пов’язана зі спрямуванням AID. AID є цитидиндезаміназою, залученою до процесів диверсифікації антитіл; водночас її активність у геномі потребує точного контролю.
Дані та методи аналізу
Для роботи дослідники створили й проаналізували набори даних ChIP-seq і TT-seq, а також дані ампліконного секвенування Nanopore та BioID-мас-спектрометрії. Матеріали розміщено в репозиторіях NCBI Gene Expression Omnibus, Sequence Read Archive та MASSIVE.
Аналіз охоплював, зокрема, моделі клітин CH12F3 і Ramos, активовані B-клітини та дані щодо зв’язування AID. Автори також використали референсні геноми миші й людини та спеціально адаптовані геномні збірки для окремих клітинних моделей. У статті наведено посилання на код і робочі процеси, застосовані для аналізу мутацій, кінетики транскрипції та секвенувальних даних.
