Науковці представили систему проєктування білків за текстовим описом
Науковці представили Pinal — систему для проєктування функціональних білків за текстовим описом і відкрили код та ваги моделі.
Дослідники представили Pinal — систему для програмованого проєктування функціональних білків на основі описів природною мовою. Роботу опубліковано 21 жовтня 2026 року: Nature повідомляє, що ваги попередньо навченої моделі, інструкції з її використання, код для запуску та оцінювання, а також вебсервер зробили доступними для користувачів.
Для підготовки системи використовували білкові послідовності з UniProtKB/Swiss-Prot і UniProtKB/TrEMBL, прогнозовані структури з бази AlphaFold Protein Structure Database, функціональні анотації InterPro та дані номенклатурної бази ENZYME. Для структурних порівнянь залучали експериментально визначені структури з Protein Data Bank.
Відкритий код і доступні ваги
Pinal поширюють за ліцензією Apache 2.0. Автори також відкрили репозиторій із кодом і вебсервер системи. Окремо доступний сервер SaProt-T/O, який у роботі названо другим компонентом Pinal.
У дослідженні згадано застосування довідкових даних FPbase щодо флуоресцентних білків, а також UniRef100 для аналізу подібності послідовностей. Інші дані, за повідомленням авторів, містяться у самій статті та додаткових матеріалах.
Обмеження через біобезпеку
Команда зазначила, що масштабні ресурси для навчання генеративних систем проєктування білків можуть мати ризики подвійного використання. Структурну частину навчального корпусу Pinal сформували на основі AlphaFold Protein Structure Database, де оприлюднена колекція структур не містить вірусних протеомів.
З цієї причини Pinal не навчали та не призначали для проєктування вірусних білків. Повний навчальний корпус і повний конвеєр навчання автори надали лише для конфіденційного редакційного та рецензентського оцінювання, пояснивши це ризиком того, що їхнє необмежене оприлюднення могло б спростити адаптацію подібних систем до чутливих біологічних наборів даних.
